诗人毕竟是诗人，即使身陷囹圄，生死未卜，也依然不忘赋诗咏怀。
顺治四年（1647）三月，钱谦益因受黄毓祺案牵连，逮系狱中，《和东坡西台诗韵六首》就是在冥冥的狱中写成的。
黄毓祺字介子，江阴人。清兵南下后，曾在家乡一带招募义兵，从事反清活动。黄毓祺与牧斋夫妇的关系似不寻常。祝纯嘏《孤忠后录》载：顺治四年，黄毓祺起兵海上，谋复常州，“常熟钱谦益命其妻艳妓柳如是至海上犒师，适飓风大作，海艘多飘没。毓祺溺于海，赖勇士石政负之，始得登岸。”又计六奇《明季南略·黄毓祺续记》载：“毓祺将起义，遣徐摩往常熟钱谦益处提银五千，用巡抚印。摩又与徽州江某善，江嗜贿而贪利，素与清兵往还，窥知毓祺事，谓徐摩返必挟重赀，发之可得厚利。及摩至常熟，钱谦益心知事不密，必败，遂却之。摩持空函还。江某诣营告变，遂执毓祺及薛生一门，解于南京部院，悉杀之，钱谦益以答书左袒清朝得免，然已用贿三十万矣。”如果这些记载可信，那么说明钱、黄之间私谊甚笃，牧斋夫妇对黄的反清活动秘密予以支援。黄毓祺案发遭逮系，不免牵涉牧斋。牧斋心中自然也明白这一次似乎难以消灾弭祸，自觉难免一死，所以他在《和东坡西台诗韵六首》序中说：
丁亥三月晦日，晨兴礼佛，忽被急征。锒铛拖曳，命在漏刻，河东夫人沉疴卧蓐，蹶然而起，冒死从行。誓上书代死，否则从死。慷慨首塗，无刺刺可怜之语。余亦赖以自壮焉。狱急时，次东坡御史台寄妻诗以当诀别。
这篇序以充满激情的笔触，着重叙述柳如是不顾自己病魔缠身，甘愿“冒死从行”，且担心牧斋身遭不测，誓上书代死，如“代死”不成，则愿“从死”。（柳如是对牧斋十分痴情，牧斋死后不久，她即自缢身亡，可以证明这一点。可见这里所说的“代死”“从死”，并没有半点的虚情假意。）字里行间对她的牺牲精神和倔强性格深表敬佩，感激之情流溢于笔端。
序是牧斋获释后写的，心境自然与在狱中时不同。险恶的狱中环境，他想到的是死，所以才有“诀别”诗，且录两首如下：
朔气阴森夏亦凄，穹苍（一作“庐”）四盖破天低，青春望断催归鸟，黑狱声沉报晓鸡。恸哭临江无壮子，徒行赴难有贤妻。重围不禁还乡梦，却过淮东又浙西。（其一）
六月霜凝倍憯凄，骨消皮削首频低。云林永绝离罗雉，砧几相邻待割鸡。坠落劫尘悲宿业，皈依法喜愧山妻。西方西市原同观，县鼓分明落日西。（其五）
牧斋锒铛入狱，时在夏季四五月间。炎热的夏日却因北方寒气的侵袭而倍感凄冷。这阴森的“朔气”，显然主要不是指大自然之寒气，而是借喻处于北方的清朝统治势力。“六月霜凝”同样采取比兴手法，是说清朝统治者就像六月霜雪那样冷酷无情，把一个好端端的人摧残折磨得“骨消皮削”。这些氛围的描写，极力刻画狱中环境的阴沉险恶，仿佛有一股刺骨的寒气迎面袭来，令人不寒而栗。
前文已提及，牧斋这次被执，自料难免一死。这时他的儿子孙爱才十九岁，涉世未深，诚难应付这突如其来的事件，幸亏柳如是在旁照料，心中才稍稍感到宽慰。后来他得以逃离魔掌，无罪释放，无疑倾注着柳如是的大量心血。据《清史列传·钱谦益传》载，他的获释有两个原因，一是“首告谦益从逆之盛名儒逃匿不赴质”，二是“毓祺病死狱中”，造成死无对证的局面，结果草草了结，以“谦益与毓祺素不相识定谳”。原告盛名儒逃匿不出面对质，已属蹊跷，说谦益与毓祺“素不相识”，今天读来，更是令人哑然失笑。这是典型的糊涂官办的糊涂案，在这“糊涂”的背后，肯定有人为牧斋四处奔走，其中的主角当然是柳如是。“恸哭临江无壮子，徒行赴难有贤妻”。儿子年少，难以分忧；贤妻赴难，恩重情深。柳如是的救护之恩，牧斋自然刻骨铭心，难以忘怀。
一个关押牢狱中的囚犯，显然已丧失反抗的能力，就像等待宰割的鸡一样可悲可怜。生还的机会几乎已经断绝，牧斋于是想到死，“西方西市原同观”，不管像佛教徒那样魂归西天，还是在西市受极刑，无非都是一死，在他看来已没有什么区别。《孤忠后录》载：“（毓祺）将刑，门人告之期。祺作绝命诗，被衲衣，趺坐而逝。”趺坐即结跏趺坐，佛教徒修禅的一种坐法。抑是牧斋在狱中闻说毓祺“趺坐而逝”消息后，才赋就此诗不成？
后来牧斋虽死里逃生，终获释放，但沉沉牢狱的阴影一直伴随着他的后半生，直到临终之际，仍未能从他的心灵上抹去。何以见得？他在病榻上写成的组诗《病榻消寒杂咏》中有一首即“记丁亥羁囚事”，诗云：
缧绁重围四浃旬，仆僮并命付灰尘。三人缠索同三木，六足钩牵有六身。伏鼠盘头遗宿溺，饥蝇攒口嘬余津。频年风雨鸡鸣候，循省颠毛荷鬼神。
康熙三年（1664）牧斋卧病不起，距“丁亥（即顺治四年）羁囚”已十七年之久，但他忆及当年情景，就像发生在眼前似的，依然历历在目，心有余悸，足见此事对他影响之深，可谓至死不忘！